Os gónadas referem-se à parte dos orgãos reprodutores internos, embora o testículo seja externo por norma, claro (só nalguns animais não é). Mas no caso das pessoas intersexo, em que se refere aos gónadas, refere-se a casos de pessoas com ovo-testis (e neste caso ovo-testis é maioritariamente interno, só com uma ligeira saliência fora).
Quando se refere aos externos fala-se de pénis e vagina/vulva. É a estes casos que se refere de hermafroditas vulgarmente.
Quanto ao intersexo ser transgénero é questionável, claro, mas são - mais uma vez - termos para trabalho.
É óbvio que hermafrodita é um termo popular (e não sei onde alguém me viu a dizer o contrário) e, repito, as pessoas quando o usam referem-se a um tipo de pessoas intersexo - àquelas que têm em simultâneo pénis e vulva - e não a todas as pessoas intersexo. Portanto não é um sinónimo, simplesmente.
De resto não é minha intenção dar explicações altamente científicas, mas que as pessoas percebam de que parte do corpo estamos a falar, no que diz respeito aos orgãos sexuais e reprodutores.
GónadaAs gônadas dos animais são o ovário (gônada feminina) e o testículo (gônada masculina).
http://pt.wikipedia.org/wiki/G%C3%B3nadaAparelho reprodutorOs principais órgãos do sistema reprodutivo humano incluem o pênis e vulva e as gônadas produtoras dos gametas (testículos e ovários), bem como uma série de órgãos internos.
http://pt.wikipedia.org/wiki/Aparelho_reprodutorOvotestisUm ovotestis é uma das gônadas tanto com aspectos testiculares como ovarianos.[1][2] Em humanos, ovotestis são uma anomalia anatômica associada com disgenesia gonadal.
http://pt.wikipedia.org/wiki/OvotestisA título de simplicidade e clareza, e citando a mesma fonte que a bluejazz:
http://www.isna.org/faq/hermaphrodite
(...)
Não é um tipo. É um sinónimo, mais incorrecto e arcaico, que deve ser evitado. O glossário lgbt da rede ex aequo não contempla o termo Hermafrodita, quero eu acreditar que precisamente para evitar esta confusão. E o estado da arte também não considera Intersex como transgénero... Mas esta será a eterna luta.
Adicionalmente, um reparo: "órgãos reprodutores" é uma expressão algo antiquada... Gónadas é mais correcto, neste tipo de discussões mais teóricas/conceptuais.