Olá, F!
Essa situação é complicada, eu também estou a passar por algo mais ou menos parecido neste momento. Assumindo que realmente não podes mudar ainda o nome nos próximos meses, tens três opções:
1) apresentas-te com o teu nome de nascimento (feminino) e tentas viver como uma rapariga (
ugh, eu sei). Mas assumindo que entretanto vais começar com a terapia hormonal, podes ter de ter de contar às pessoas a tua situação, porque as mudanças induzidas pelas hormonas a certo ponto tornam-se impossíveis de esconder
2) tentas falar com os profs, com a secretaria ou com o diretor de curso para explicar a situação e pedir que mudem o teu nome nos documentos onde for possível. Isto pode correr muito bem ou muito mal. Podes apanhar-te numa situação onde tens alguns documentos com um nome e noutros documentos aparece outro nome, podes apanhar profs transfóbicos não colaborantes que se recusem a tratar-te pelo teu nome, algum colega teu pode de alguma forma descobrir os teus dois nomes... não sei bem até que ponto é possível manter uma situaçao destas por longos períodos de tempo

3) explicas a situação aos teus colegas, pedes aos colegas que te tratem pelo teu nome masculino mas deixas o resto dos documentos da faculdade com o nome feminino. Ou seja, dentro das aulas os profs não sabem de nada e tratam-te como uma rapariga, fora das aulas vives como um rapaz. Uma espécie de "vida dupla" dentro da faculdade. E tens sempre o risco de apanhares colegas transfóbicos.
Cada uma destas opções tens prós e contras... Eu quando entrei para a faculdade não tive este "problema" porque ainda não era assumido, ainda estava em negação e nem me passava pela cabeça apresentar-me como um rapaz. Passei a maior parte da minha vida académica a apresentar-me como rapariga, até ao ano passado. Em Setembro resolvi finalmente começar a viver como um rapaz, mas às vezes é complicado. No início do ano, os meus colegas não sabiam de nada; recebia alguns comentários relativos ao meu cabelo (tinha-o compridissimo e cortei-o curto, foi uma mudança radical na altura), mas nada de crítico. Nessa altura vivia como rapaz em alguns contextos, mas dentro da faculdade ainda era uma rapariga. Não aguentei esta vida dupla por muito tempo, por volta de Novembro resolvi acabar com esta fantochada e assumi-me aos meus colegas, expliquei-lhes a situação e pedi que me tratassem pelo meu nome masculino. Correu bastante bem, tive a sorte de ter colegas nada preconceituosos, toda a gente aceitou a mudança e começaram a tratar-me de imediato pelo meu nome. Foi um alívio enorme.
No entanto, ainda não tinha mudado oficialmente de nome (até hoje não o consegui mudar). Nos documentos e registos todos da faculdade ainda sou uma rapariga. Sinceramente, é algo que não me incomoda assim tanto. Era bom poder ter isso tudo direitinho, mas é tolerável. Durante as aulas, os profs ou não querem saber dos nomes dos alunos, ou então eu consigo com relativa facilidade convence-los que "sou" uma rapariga, que "sou mesmo essa pessoa que aparece aí na sua lista de alunos". O mais complicado é durante as aulas práticas, onde toda a gente fala alto e os profs ouvem, e por vezes ficava um bocado preocupado não fosse um prof ouvir um colega a referir-se a mim no masculino (uma vez isso aconteceu e uma assistente comentou isso comigo; eu inventei uma desculpa e disse que os meus colegas me tratavam no masculino para gozar comigo, por eu ter um aspeto bastante masculino, e ela acreditou). A única situação que realmente me deixou preocupado foi durante um exame, o prof pedia que mostrassemos alguma identificação para confirmar a nossa identidade, e na altura eu mostrei-lhe o meu BI, que tinha uma foto minha ainda de cabelo comprido, e ele desconfiou daquilo, começou a dizer que podia anular o exame por fraude

Na altura lá lhe consegui dar a volta, mas foi um stress enorme... moral da história: manter os documentos com uma foto atualizada.
Essa sensação de olharem para nós e não entender bem o que é que somos, yah, é desagradável, mas acho que nessas situações o ideal é clarificar logo o mais cedo possível a situação.
Mais uma história pessoal sobre isto: no semestre passado eu tinha uma série de disciplinas opcionais, e optei por inscrever-me em algumas disciplinas que pertenciam a outro curso. Ou seja, meti-me no meio de pessoas de outro curso, que não me conheciam de lado nenhum, que olhavam para mim e viam uma pessoa meia andrógina. Pior ainda quando, depois de me apresentar com o meu nome masculino, tive de fazer um trabalho em grupo que não podia entregar com o meu nome masculino (tinha de usar o nome feminino, que é o que aparece na lista de alunos). Nessa altura eu expliquei a situação aos meus colegas de grupo dizendo apenas que o meu nome no registo académico está mal; tipo "o meu nome é [masculino], mas na lista de alunos aparece como [feminino]. A lista está mal, eu estou a tentar resolver esse problema mas é um processo burocrático demorado, portanto até lá por favor usem o meu nome [feminino] nos trabalhos... mas, sim, eu chamo-me [masculino], é esse o meu nome a sério, o [feminino] é um erro, enfim"
Passados alguns dias tive dois colegas dessa turma a perguntarem sobre o nome e eu disse-lhes, da forma mais casual que consegui, que era transexual. Eles pareceram ficar surpreendidos, mas não comentaram mais.
Até hoje nunca tive quaisquer problemas com os meus colegas. Não sei se é por ter tido a enorme sorte de só apanhar pessoal sem preconceitos, ou se ninguém aborda o tema por acharem que é taboo... mas também, pouco me importa. Eu quero é que não me chateiem. Toda a gente me trata pelo meu nome masculino, exceto os profs. Não me incomoda viver esta "vida dupla" porque o tempo que passo dentro das aulas é relativamente curto, e pouco me importa que os profs me vejam como rapaz ou não.
Mas este post já está a ficar enorme

Estou só a partilhar aqui a minha experiência porque talvez te possa ser útil. Se precisares de alguma coisa, fica à vontade para me contactares (by the way, enviei-te uma MP)